هنگامی که یک کاوشگر فضایی غول‌پیکر و بیگانه وارد کهکشان می‌شود و شروع به تبخیر اقیانوس‌های زمین می‌کند، کرک و خدمه‌اش باید در زمان به عقب سفر کنند تا وال‌ها را برای نجات سیاره به آینده بیاورند.

پس از سال‌ها جنگ، فدراسیون و امپراتوری کلینگون در آستانه برگزاری یک اجلاس صلح قرار می‌گیرند، اما یک سفینه کلینگون در پی حمله‌ای که به نظر می‌رسد از سوی فضاپیمای اینترپرایز انجام شده، تا مرز نابودی پیش می‌رود. هر دو جهان خود را برای مرگبارترین رویارویی ممکن آماده می‌کنند.